/核酸晶體學(xué)結(jié)構(gòu)的“全原子體檢“——從在線服務(wù)器到本地 CLI)
X 射線解析完結(jié)構(gòu) ≠ 結(jié)構(gòu)沒(méi)問(wèn)題MolProbity 是發(fā)表前必跑的全原子級(jí) CT。你解析完一個(gè)蛋白或核酸晶體結(jié)構(gòu)準(zhǔn)備投稿卻擔(dān)心 Asn/Gln/His 側(cè)鏈翻反、范德華沖突、Ramachandran 異常值這些審稿人用 MolProbity 一鍵掃出來(lái)的低級(jí)錯(cuò)誤你拿到 AlphaFold 預(yù)測(cè)模型想快速評(píng)估局部構(gòu)象可靠性卻不知用什么指標(biāo)你需要批量打分一批 PDB 的 Clashscore 和 MolProbity Score卻不想一個(gè)個(gè)手動(dòng)開在線服務(wù)器這篇把 MolProbity 二十年結(jié)構(gòu)驗(yàn)證體系一次講透四類核心指標(biāo)速查表Clashscore / Ramachandran / Rotamer / MolProbity Score、在線服務(wù)器 4 步標(biāo)準(zhǔn)流程Fetch→加氫→全原子分析→下載、本地部署踩坑實(shí)錄PHP 5.6 強(qiáng)綁 cctbx 編譯 30 分鐘起、命令行 4 個(gè)官方腳本批量打分——讀完對(duì)著表格直接跑發(fā)表前把結(jié)構(gòu)質(zhì)量鎖死。官網(wǎng)Main page - MolProbity主站杜克大學(xué)鏡像http://molprobity.manchester.ac.uk/2016 年起運(yùn)營(yíng)歐洲用戶更快GitHubGitHub - rlabduke/MolProbity: Protein and nucleic acid validation service · GitHubApache-2.0105★實(shí)測(cè) 2026-09論文Davis IW 等.MolProbity: all-atom contacts and structure validation for proteins and nucleic acids.Nucleic Acids Res.35(Web Server): W375-W383,2007. 10.1093/nar/gkm216Chen VB 等.MolProbity: all-atom structure validation for macromolecular crystallography.Acta Crystallogr. D66: 12-21,2010. 10.1107/S0907444909042073Williams CJ 等.MolProbity: More and better reference data for improved all-atom structure validation.Protein Sci.27: 293-315,2018. 10.1002/pro.3330關(guān)鍵詞MolProbity結(jié)構(gòu)驗(yàn)證晶體學(xué)ClashscoreRamachandran全原子接觸分析PHENIXCoot目錄相關(guān)教程與核心文獻(xiàn)痛點(diǎn)解析完結(jié)構(gòu) ≠ 結(jié)構(gòu)沒(méi)問(wèn)題核心指標(biāo)速查在線服務(wù)器4 步標(biāo)準(zhǔn)流程本地部署含踩坑命令行工具4 個(gè)官方腳本什么時(shí)候用 vs 不用展望與待追蹤參考相關(guān)教程與核心文獻(xiàn)資源鏈接與本文關(guān)系官方文檔command line toolsMolProbity/doc/command_line_tools.txt at master · rlabduke/MolProbity · GitHub本文 CLI 章節(jié)命令的硬出處Manchester 鏡像幫助頁(yè)Validation Options - MolProbity Help驗(yàn)證指標(biāo)定義Clashscore 0.4 ? 重疊PHENIX MolProbity 集成https://www.phenix-online.org/documentation/reference/molprobity_tool.html與 PHENIX 套件的耦合關(guān)系SBGrid 軟件注冊(cè)Molprobity - SBGrid Consortium - Supported Software學(xué)術(shù)用戶簡(jiǎn)化安裝入口痛點(diǎn)解析完結(jié)構(gòu) ≠ 結(jié)構(gòu)沒(méi)問(wèn)題X 射線晶體學(xué)解析出來(lái)的 PDB 文件總會(huì)有局部建模錯(cuò)誤——低分辨率結(jié)構(gòu)尤其嚴(yán)重主鏈走向?qū)?、?cè)鏈朝向錯(cuò)高分辨率結(jié)構(gòu)也會(huì)有 Asn/Gln/His 側(cè)鏈翻反Cβ 朝向正確但 OD/ND 朝向氫鍵反方、Ramachandran 異常值、糖環(huán)構(gòu)象錯(cuò)審稿人/PDB 校驗(yàn)會(huì)用 MolProbity 自動(dòng)跑這些檢查——上線前不跑 自找麻煩。MolProbity 解法氫原子全補(bǔ)齊 全原子接觸分析。Reduce 程序基于氫鍵供體-受體模式智能添加/優(yōu)化所有氫原子包括極性和非極性Probe 程序掃所有原子對(duì)檢測(cè)范德華重疊。結(jié)果歸一化為單一MolProbity Score數(shù)值越低越好——經(jīng)驗(yàn)上評(píng)分應(yīng)接近或低于結(jié)構(gòu)分辨率2.5 ? 結(jié)構(gòu)評(píng) ≤ 2.5。核心指標(biāo)速查指標(biāo)含義目標(biāo)值Clashscore每 1000 個(gè)原子中嚴(yán)重立體沖突重疊 0.4 ?的數(shù)量高分辨率結(jié)構(gòu) 10Ramachandran favored主鏈 φ/ψ 二面角落入高密度區(qū)域的殘基占比 98%Ramachandran outliers落入禁區(qū)的殘基占比 0.5%理想 0Rotamer outliers18 種可旋轉(zhuǎn)側(cè)鏈 X 角偏離已知旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體的占比 1%Cβ deviationCβ 相對(duì)理想位置的偏差 0.25 ? 即異常MolProbity Score綜合評(píng)分Clashscore Ramachandran Rotamer 加權(quán)對(duì)數(shù)≤ 結(jié)構(gòu)分辨率核酸專屬糖環(huán)折疊C2-endo vs C3-endo、RNA backbone suites、堿基配對(duì)幾何——RNA/DNA 復(fù)合物結(jié)構(gòu)里骨架接觸分析是質(zhì)量評(píng)估的關(guān)鍵。在線服務(wù)器4 步標(biāo)準(zhǔn)流程服務(wù)器界面是上下文敏感的跟著提示走即可。MolProbity網(wǎng)站Main page - MolProbity以 PDB 1BKR 為例獲取結(jié)構(gòu)Fetch 模式輸入 4 位代碼如1bkr從 PDB 數(shù)據(jù)庫(kù)拉或 Upload 模式上傳本地 PDBAdd Hydrogens選 with flips推薦 Electron cloudX 射線結(jié)構(gòu)Reduce 自動(dòng)識(shí)別 Asn/Gln/His 錯(cuò)誤取向并給出翻轉(zhuǎn)建議報(bào)告高置信度建議應(yīng)接受Analyze all-atom contacts and geometry勾選全部接觸類型Steric overlaps / H-bonds / van der Waals運(yùn)行后生成 Clashscore 多標(biāo)準(zhǔn)圖表 Ramachandran PDF 旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體列表結(jié)果解讀與下載關(guān)鍵文件 — 加氫后 PDB*_FH.pdb、翻轉(zhuǎn)后 PDB*_FH-flip.pdb、kinemage 圖形*_kin用 KiNG Java 程序看 3D 交互紅尖刺嚴(yán)重沖突 / 綠線Ramachandran 異常 / 黃側(cè)鏈rotamer 異常。特殊場(chǎng)景AlphaFold 模型選 without flips預(yù)測(cè)模型無(wú)錯(cuò)誤取向NMR 系綜自動(dòng)分離多模型可同時(shí)看多 chart 識(shí)別系綜不一致蛋白-核酸復(fù)合物分別生成骨架-骨架和堿基接觸 kinemage。本地部署含踩坑官方安裝命令實(shí)拉 2026-09 READMEMolProbity 強(qiáng)綁PHP 5.6ondrej/php PPA 源安裝 Apache Reduce/Probe/cctbx 源碼編譯。# Ubuntu 22.04/24.04: 裝 PHP 5.6ppa:ondrej/php 唯一兼容源 sudo apt install -y php5.6 php5.6-cli php5.6-curl php5.6-xml php5.6-mbstring # 下載引導(dǎo)腳本實(shí)測(cè)路徑有效 wget -O install_via_bootstrap.sh \ https://github.com/rlabduke/MolProbity/raw/master/install_via_bootstrap.sh chmod x install_via_bootstrap.sh ./install_via_bootstrap.sh 4 # 4 核并行編譯 ./setup.sh # Apache 配置 # 啟動(dòng)推薦 PHP 內(nèi)置服務(wù)器無(wú)需 root cd public_html php5.6 -S localhost:8000本文踩坑bootstrap 編譯 cctbx 全套 30 分鐘–數(shù)小時(shí)4 核并行實(shí)測(cè)是單核 3–4 倍速度。學(xué)術(shù)用戶簡(jiǎn)化方案sbgrid-cli install molprobity裝預(yù)編譯二進(jìn)制。實(shí)測(cè)驗(yàn)證Ubuntu 22reduce -FLIP 1bkr.pdb? 生成 3455 行加氫 PDB0 H → 865 H翻轉(zhuǎn)報(bào)告正常輸出probe2.26 從 rlabduke/probe 源碼編譯成功make一條命令輸出 40729 行接觸記錄含 so/bo/hb 三類conda install -c conda-forge cctbx-base提供 mmtbx iotbx Python API ?但 probe 二進(jìn)制需單獨(dú)編譯在線服務(wù)器 Duke 主站 Manchester 鏡像均返回 200 ?注意mmtbx 的clashscore類調(diào)用需要libtbx.env.has_module(probe)cctbx 構(gòu)建系統(tǒng)注冊(cè)conda 安裝版無(wú)此注冊(cè)——需用 probe 命令行直接計(jì)算或完整安裝 MolProbity。命令行工具4 個(gè)官方腳本核心事實(shí)實(shí)讀doc/command_line_tools.txtMolProbitycmdline/目錄只有 4 個(gè)可執(zhí)行腳本沒(méi)有獨(dú)立的probe -MC/reduce -FLIP -DUMP這類二進(jìn)制 CLI——底層 probe/reduce 是 cctbx 的 Python 模塊。要在終端跑用下面 4 個(gè)入口export PATH$PATH:~/molprobity/cmdline 單個(gè) PDBClashscore 沖突原子列表 clashscore model.pdb 單個(gè) PDB每殘基鍵長(zhǎng)鍵角最大偏差colon-delimited mp_geometry model.pdb 整個(gè)目錄每文件的 MolProbity Score Clashscoreoneline 輸出 oneline-analysis pdb_dir/ 單個(gè) PDB每殘基完整指標(biāo)CSV-like residue-analysis model.pdb批量打分示例用 oneline-analysis 一次掃 50 個(gè)結(jié)構(gòu)mkdir -p results oneline-analysis pdb_dir/ results/summary.txt # 每行一個(gè)結(jié)構(gòu)MolProbity_Score, Clashscore, Ram_outliers, ...PHENIX 集成最省事的批量方案phenix.molprobity model.pdb一行調(diào)全套分項(xiàng)命令phenix.reduce/phenix.probe/phenix.ramalyze/phenix.rotalyze/phenix.clashscore/phenix.cbetadev可單獨(dú)跑。Coot 集成交互式精修時(shí)實(shí)時(shí)反饋在~/.coot加(define *probe-command* /path/to/molprobity/cmdline/probe) (define *reduce-command* /path/to/molprobity/cmdline/reduce) (set! reduce-molecule-updates-while-coot-is-running #t)旋轉(zhuǎn)側(cè)鏈時(shí) Probe 接觸點(diǎn)自動(dòng)更新。什么時(shí)候用 vs 不用你常做推薦解析完結(jié)構(gòu)想發(fā)表必跑——PDB 校驗(yàn)自動(dòng)跑這工具AlphaFold/ESMFold 預(yù)測(cè)模型驗(yàn)證跑驗(yàn)證預(yù)測(cè)質(zhì)量但 Ramachandran 分布會(huì)偏正常化蛋白-核酸復(fù)合物跑RNA 骨架接觸分析是 MolProbity 獨(dú)門武器蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)突變體迭代優(yōu)化跑精修時(shí)實(shí)時(shí)反饋搭配 Coot 集成純計(jì)算模擬MD / 自由能不推薦——MolProbity 是晶體學(xué)驗(yàn)證工具M(jìn)D 軌跡檢查用其他工具展望與待追蹤2026 持續(xù)更新GitHub 主分支最近提交 2026-09-22Apache-2.0 許可證PyMOL/ChimeraX 實(shí)時(shí)反饋插件仍在演進(jìn)AlphaFold 適配新版本對(duì)預(yù)測(cè)模型的 Ramachandran 分布做了差異化處理避免把過(guò)度自信誤判為異常機(jī)器學(xué)習(xí)輔助錯(cuò)誤識(shí)別原作者團(tuán)隊(duì)在 phenix-online.org 已發(fā)表 ML 異常檢測(cè)研究下一步或集成自動(dòng)修正建議PHP 5.6 強(qiáng)制依賴是歷史包袱——README 警告用新版 PHP 兼容性問(wèn)題跨平臺(tái)遷移到 PHP 8.x 待官方解決GitHub Issue #30Fedora 39 安裝失敗的活躍 issue——Fedora 用戶慎用。參考官網(wǎng)Main page - MolProbityGitHubGitHub - rlabduke/MolProbity: Protein and nucleic acid validation service · GitHubApache-2.0Davis IW 等. NAR 35: W375-W383 (2007)10.1093/nar/gkm216Chen VB 等. Acta Cryst. D 66: 12-21 (2010)10.1107/S0907444909042073Williams CJ 等. Protein Sci. 27: 293-315 (2018)10.1002/pro.3330Manchester 鏡像http://molprobity.manchester.ac.uk/PHENIX 集成文檔https://www.phenix-online.org/documentation/reference/molprobity_tool.html MolProbity: 蛋白質(zhì)/核酸晶體學(xué)結(jié)構(gòu)的“全原子體檢“——從在線服務(wù)器到本地 CLI
X 射線解析完結(jié)構(gòu) ≠ 結(jié)構(gòu)沒(méi)問(wèn)題MolProbity 是發(fā)表前必跑的全原子級(jí) CT。你解析完一個(gè)蛋白或核酸晶體結(jié)構(gòu)準(zhǔn)備投稿卻擔(dān)心 Asn/Gln/His 側(cè)鏈翻反、范德華沖突、Ramachandran 異常值這些審稿人用 MolProbity 一鍵掃出來(lái)的低級(jí)錯(cuò)誤你拿到 AlphaFold 預(yù)測(cè)模型想快速評(píng)估局部構(gòu)象可靠性卻不知用什么指標(biāo)你需要批量打分一批 PDB 的 Clashscore 和 MolProbity Score卻不想一個(gè)個(gè)手動(dòng)開在線服務(wù)器這篇把 MolProbity 二十年結(jié)構(gòu)驗(yàn)證體系一次講透四類核心指標(biāo)速查表Clashscore / Ramachandran / Rotamer / MolProbity Score、在線服務(wù)器 4 步標(biāo)準(zhǔn)流程Fetch→加氫→全原子分析→下載、本地部署踩坑實(shí)錄PHP 5.6 強(qiáng)綁 cctbx 編譯 30 分鐘起、命令行 4 個(gè)官方腳本批量打分——讀完對(duì)著表格直接跑發(fā)表前把結(jié)構(gòu)質(zhì)量鎖死。官網(wǎng)Main page - MolProbity主站杜克大學(xué)鏡像http://molprobity.manchester.ac.uk/2016 年起運(yùn)營(yíng)歐洲用戶更快GitHubGitHub - rlabduke/MolProbity: Protein and nucleic acid validation service · GitHubApache-2.0105★實(shí)測(cè) 2026-09論文Davis IW 等.MolProbity: all-atom contacts and structure validation for proteins and nucleic acids.Nucleic Acids Res.35(Web Server): W375-W383,2007. 10.1093/nar/gkm216Chen VB 等.MolProbity: all-atom structure validation for macromolecular crystallography.Acta Crystallogr. D66: 12-21,2010. 10.1107/S0907444909042073Williams CJ 等.MolProbity: More and better reference data for improved all-atom structure validation.Protein Sci.27: 293-315,2018. 10.1002/pro.3330關(guān)鍵詞MolProbity結(jié)構(gòu)驗(yàn)證晶體學(xué)ClashscoreRamachandran全原子接觸分析PHENIXCoot目錄相關(guān)教程與核心文獻(xiàn)痛點(diǎn)解析完結(jié)構(gòu) ≠ 結(jié)構(gòu)沒(méi)問(wèn)題核心指標(biāo)速查在線服務(wù)器4 步標(biāo)準(zhǔn)流程本地部署含踩坑命令行工具4 個(gè)官方腳本什么時(shí)候用 vs 不用展望與待追蹤參考相關(guān)教程與核心文獻(xiàn)資源鏈接與本文關(guān)系官方文檔command line toolsMolProbity/doc/command_line_tools.txt at master · rlabduke/MolProbity · GitHub本文 CLI 章節(jié)命令的硬出處Manchester 鏡像幫助頁(yè)Validation Options - MolProbity Help驗(yàn)證指標(biāo)定義Clashscore 0.4 ? 重疊PHENIX MolProbity 集成https://www.phenix-online.org/documentation/reference/molprobity_tool.html與 PHENIX 套件的耦合關(guān)系SBGrid 軟件注冊(cè)Molprobity - SBGrid Consortium - Supported Software學(xué)術(shù)用戶簡(jiǎn)化安裝入口痛點(diǎn)解析完結(jié)構(gòu) ≠ 結(jié)構(gòu)沒(méi)問(wèn)題X 射線晶體學(xué)解析出來(lái)的 PDB 文件總會(huì)有局部建模錯(cuò)誤——低分辨率結(jié)構(gòu)尤其嚴(yán)重主鏈走向?qū)?、?cè)鏈朝向錯(cuò)高分辨率結(jié)構(gòu)也會(huì)有 Asn/Gln/His 側(cè)鏈翻反Cβ 朝向正確但 OD/ND 朝向氫鍵反方、Ramachandran 異常值、糖環(huán)構(gòu)象錯(cuò)審稿人/PDB 校驗(yàn)會(huì)用 MolProbity 自動(dòng)跑這些檢查——上線前不跑 自找麻煩。MolProbity 解法氫原子全補(bǔ)齊 全原子接觸分析。Reduce 程序基于氫鍵供體-受體模式智能添加/優(yōu)化所有氫原子包括極性和非極性Probe 程序掃所有原子對(duì)檢測(cè)范德華重疊。結(jié)果歸一化為單一MolProbity Score數(shù)值越低越好——經(jīng)驗(yàn)上評(píng)分應(yīng)接近或低于結(jié)構(gòu)分辨率2.5 ? 結(jié)構(gòu)評(píng) ≤ 2.5。核心指標(biāo)速查指標(biāo)含義目標(biāo)值Clashscore每 1000 個(gè)原子中嚴(yán)重立體沖突重疊 0.4 ?的數(shù)量高分辨率結(jié)構(gòu) 10Ramachandran favored主鏈 φ/ψ 二面角落入高密度區(qū)域的殘基占比 98%Ramachandran outliers落入禁區(qū)的殘基占比 0.5%理想 0Rotamer outliers18 種可旋轉(zhuǎn)側(cè)鏈 X 角偏離已知旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體的占比 1%Cβ deviationCβ 相對(duì)理想位置的偏差 0.25 ? 即異常MolProbity Score綜合評(píng)分Clashscore Ramachandran Rotamer 加權(quán)對(duì)數(shù)≤ 結(jié)構(gòu)分辨率核酸專屬糖環(huán)折疊C2-endo vs C3-endo、RNA backbone suites、堿基配對(duì)幾何——RNA/DNA 復(fù)合物結(jié)構(gòu)里骨架接觸分析是質(zhì)量評(píng)估的關(guān)鍵。在線服務(wù)器4 步標(biāo)準(zhǔn)流程服務(wù)器界面是上下文敏感的跟著提示走即可。MolProbity網(wǎng)站Main page - MolProbity以 PDB 1BKR 為例獲取結(jié)構(gòu)Fetch 模式輸入 4 位代碼如1bkr從 PDB 數(shù)據(jù)庫(kù)拉或 Upload 模式上傳本地 PDBAdd Hydrogens選 with flips推薦 Electron cloudX 射線結(jié)構(gòu)Reduce 自動(dòng)識(shí)別 Asn/Gln/His 錯(cuò)誤取向并給出翻轉(zhuǎn)建議報(bào)告高置信度建議應(yīng)接受Analyze all-atom contacts and geometry勾選全部接觸類型Steric overlaps / H-bonds / van der Waals運(yùn)行后生成 Clashscore 多標(biāo)準(zhǔn)圖表 Ramachandran PDF 旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體列表結(jié)果解讀與下載關(guān)鍵文件 — 加氫后 PDB*_FH.pdb、翻轉(zhuǎn)后 PDB*_FH-flip.pdb、kinemage 圖形*_kin用 KiNG Java 程序看 3D 交互紅尖刺嚴(yán)重沖突 / 綠線Ramachandran 異常 / 黃側(cè)鏈rotamer 異常。特殊場(chǎng)景AlphaFold 模型選 without flips預(yù)測(cè)模型無(wú)錯(cuò)誤取向NMR 系綜自動(dòng)分離多模型可同時(shí)看多 chart 識(shí)別系綜不一致蛋白-核酸復(fù)合物分別生成骨架-骨架和堿基接觸 kinemage。本地部署含踩坑官方安裝命令實(shí)拉 2026-09 READMEMolProbity 強(qiáng)綁PHP 5.6ondrej/php PPA 源安裝 Apache Reduce/Probe/cctbx 源碼編譯。# Ubuntu 22.04/24.04: 裝 PHP 5.6ppa:ondrej/php 唯一兼容源 sudo apt install -y php5.6 php5.6-cli php5.6-curl php5.6-xml php5.6-mbstring # 下載引導(dǎo)腳本實(shí)測(cè)路徑有效 wget -O install_via_bootstrap.sh \ https://github.com/rlabduke/MolProbity/raw/master/install_via_bootstrap.sh chmod x install_via_bootstrap.sh ./install_via_bootstrap.sh 4 # 4 核并行編譯 ./setup.sh # Apache 配置 # 啟動(dòng)推薦 PHP 內(nèi)置服務(wù)器無(wú)需 root cd public_html php5.6 -S localhost:8000本文踩坑bootstrap 編譯 cctbx 全套 30 分鐘–數(shù)小時(shí)4 核并行實(shí)測(cè)是單核 3–4 倍速度。學(xué)術(shù)用戶簡(jiǎn)化方案sbgrid-cli install molprobity裝預(yù)編譯二進(jìn)制。實(shí)測(cè)驗(yàn)證Ubuntu 22reduce -FLIP 1bkr.pdb? 生成 3455 行加氫 PDB0 H → 865 H翻轉(zhuǎn)報(bào)告正常輸出probe2.26 從 rlabduke/probe 源碼編譯成功make一條命令輸出 40729 行接觸記錄含 so/bo/hb 三類conda install -c conda-forge cctbx-base提供 mmtbx iotbx Python API ?但 probe 二進(jìn)制需單獨(dú)編譯在線服務(wù)器 Duke 主站 Manchester 鏡像均返回 200 ?注意mmtbx 的clashscore類調(diào)用需要libtbx.env.has_module(probe)cctbx 構(gòu)建系統(tǒng)注冊(cè)conda 安裝版無(wú)此注冊(cè)——需用 probe 命令行直接計(jì)算或完整安裝 MolProbity。命令行工具4 個(gè)官方腳本核心事實(shí)實(shí)讀doc/command_line_tools.txtMolProbitycmdline/目錄只有 4 個(gè)可執(zhí)行腳本沒(méi)有獨(dú)立的probe -MC/reduce -FLIP -DUMP這類二進(jìn)制 CLI——底層 probe/reduce 是 cctbx 的 Python 模塊。要在終端跑用下面 4 個(gè)入口export PATH$PATH:~/molprobity/cmdline 單個(gè) PDBClashscore 沖突原子列表 clashscore model.pdb 單個(gè) PDB每殘基鍵長(zhǎng)鍵角最大偏差colon-delimited mp_geometry model.pdb 整個(gè)目錄每文件的 MolProbity Score Clashscoreoneline 輸出 oneline-analysis pdb_dir/ 單個(gè) PDB每殘基完整指標(biāo)CSV-like residue-analysis model.pdb批量打分示例用 oneline-analysis 一次掃 50 個(gè)結(jié)構(gòu)mkdir -p results oneline-analysis pdb_dir/ results/summary.txt # 每行一個(gè)結(jié)構(gòu)MolProbity_Score, Clashscore, Ram_outliers, ...PHENIX 集成最省事的批量方案phenix.molprobity model.pdb一行調(diào)全套分項(xiàng)命令phenix.reduce/phenix.probe/phenix.ramalyze/phenix.rotalyze/phenix.clashscore/phenix.cbetadev可單獨(dú)跑。Coot 集成交互式精修時(shí)實(shí)時(shí)反饋在~/.coot加(define *probe-command* /path/to/molprobity/cmdline/probe) (define *reduce-command* /path/to/molprobity/cmdline/reduce) (set! reduce-molecule-updates-while-coot-is-running #t)旋轉(zhuǎn)側(cè)鏈時(shí) Probe 接觸點(diǎn)自動(dòng)更新。什么時(shí)候用 vs 不用你常做推薦解析完結(jié)構(gòu)想發(fā)表必跑——PDB 校驗(yàn)自動(dòng)跑這工具AlphaFold/ESMFold 預(yù)測(cè)模型驗(yàn)證跑驗(yàn)證預(yù)測(cè)質(zhì)量但 Ramachandran 分布會(huì)偏正常化蛋白-核酸復(fù)合物跑RNA 骨架接觸分析是 MolProbity 獨(dú)門武器蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)突變體迭代優(yōu)化跑精修時(shí)實(shí)時(shí)反饋搭配 Coot 集成純計(jì)算模擬MD / 自由能不推薦——MolProbity 是晶體學(xué)驗(yàn)證工具M(jìn)D 軌跡檢查用其他工具展望與待追蹤2026 持續(xù)更新GitHub 主分支最近提交 2026-09-22Apache-2.0 許可證PyMOL/ChimeraX 實(shí)時(shí)反饋插件仍在演進(jìn)AlphaFold 適配新版本對(duì)預(yù)測(cè)模型的 Ramachandran 分布做了差異化處理避免把過(guò)度自信誤判為異常機(jī)器學(xué)習(xí)輔助錯(cuò)誤識(shí)別原作者團(tuán)隊(duì)在 phenix-online.org 已發(fā)表 ML 異常檢測(cè)研究下一步或集成自動(dòng)修正建議PHP 5.6 強(qiáng)制依賴是歷史包袱——README 警告用新版 PHP 兼容性問(wèn)題跨平臺(tái)遷移到 PHP 8.x 待官方解決GitHub Issue #30Fedora 39 安裝失敗的活躍 issue——Fedora 用戶慎用。參考官網(wǎng)Main page - MolProbityGitHubGitHub - rlabduke/MolProbity: Protein and nucleic acid validation service · GitHubApache-2.0Davis IW 等. NAR 35: W375-W383 (2007)10.1093/nar/gkm216Chen VB 等. Acta Cryst. D 66: 12-21 (2010)10.1107/S0907444909042073Williams CJ 等. Protein Sci. 27: 293-315 (2018)10.1002/pro.3330Manchester 鏡像http://molprobity.manchester.ac.uk/PHENIX 集成文檔https://www.phenix-online.org/documentation/reference/molprobity_tool.html